HomeATTUALITA' & SALUTER.1: la variante COVID ora predominante nel paese del sol levante

R.1: la variante COVID ora predominante nel paese del sol levante

La pandemia di COVID-19, causata dal coronavirus SARS-CoV-2, ha ripetutamente eluso gli interventi non farmaceutici (NPI) in tutto il mondo. Un’altra delle principali preoccupazioni in tutto il mondo è la diffusione delle varianti SARS-CoV-2, tra cui B.1.1.7 e B.1.351. Tokyo ha avuto un aumento dei casi di SARS-CoV-2 negli ultimi due mesi, anche se mancano solo 64 giorni ai Giochi estivi del 2020. Seiko Hashimoto, presidente di Tokyo 2021, afferma che le reti di sicurezza sono state messe in atto, ma alcuni alti funzionari governativi e medici pensano ancora che non sia saggio procedere, dato il crescente carico di lavoro. Non solo nuove varianti sono apparse costantemente in luoghi distanti dopo l’imposizione di blocchi, ma diverse varianti hanno dimostrato la capacità di sfuggire alla neutralizzazione da parte di anticorpi provocati da infezione naturale o da vaccini basati sull’antigene spike di varianti precedenti del virus. Per rilevare tali varianti prima nel corso della loro diffusione in una popolazione locale, è necessario un sequenziamento su larga scala.

Ciò è diventato ancora più urgente data la diffusione di nuove minacciose varianti come la variante britannica B.1.1.7 e la variante sudafricana B.1.351, note per essere altamente trasmissibili e resistere parzialmente alla neutralizzazione da parte dei nuovi vaccini, rispettivamente. Un nuovo documento di ricerca pubblicato sul server di prestampa medRxiv * riporta l’ascesa di una nuova stirpe a Tokyo, in Giappone, che porta una combinazione di due mutazioni biologicamente importanti. Il sequenziamento dell’intero genoma mostra che il ceppo R.1, con mutazione E484K ma non N501Y, fa parte della linea ancestrale B.1.1.316. Il R.1. il lignaggio porta le mutazioni definitive W152L, E484K, D614G, G769V. La variante britannica B.1.1.7 porta la mutazione spike N501Y, mentre la variante giapponese B.1.1.214 non contiene né mutazioni N501Y né E484K. Lo studio ha utilizzato campioni rinofaringei di oltre un centinaio di pazienti, raccolti tra febbraio e aprile 2021. Tutti i campioni sono stati testati per materiale genetico SARS-CoV-2 (RNA, acido ribonucleico) come segno di infezione produttiva.

I campioni sono stati sottoposti a trascrizione inversa-reazione a catena della polimerasi (RT PCR) per rilevare specificamente due mutazioni: la mutazione N501Y, trovata in entrambe queste varianti, e la mutazione E484E, trovata in B.1.351. Allo stesso tempo, alcuni campioni sono stati sottoposti a sequenziamento dell’intero genoma. Lo studio mostra che tutti i campioni di pazienti ambulatoriali e ospedalieri in un unico centro a Tokyo, il Tokyo Medical and Dental University Hospital, erano prevalentemente del lignaggio 501N + 484E, chiamato anche lignaggio europeo, fino a febbraio 2021. Solo l’8% circa comprendeva il lignaggio Tipo 501N + 484K a febbraio, con una mutazione in E484 ma non N501. Questa è chiamata variante R.1. Tuttavia, nel mese di marzo, il lignaggio europeo 501N + 484E è stato sostituito dalla variante R.1, che comprendeva il 46% (quasi la metà) del totale dei genomi sequenziati a marzo, rispetto all’8% di febbraio. Ad aprile, non solo i casi di COVID-19 sono aumentati di numero, ma la variante positiva per N501Y è aumentata fino a comprendere la metà di tutti i casi.

Durante l’intero periodo di studio di tre mesi, la combinazione di N501Y con mutazioni E484K, come accade nelle varianti sudafricane e brasiliane (P.1), non è stata rilevata. Questo aumento della prevalenza della variante R.1 accompagna un aumento simultaneo del numero complessivo di infezioni da COVID-19. Le variabili cliniche non erano significativamente associate a nessuno dei due gruppi, con o senza la mutazione E484K. Tuttavia, quelli con questa mutazione tendevano ad avere una durata più breve del ricovero. Quali sono quindi le implicazioni di queste informazioni? La rapida sostituzione delle varianti B.1.1.214 con le varianti R.1 in un mese indica che quest’ultima è più contagiosa, confermando le segnalazioni precedenti. Tuttavia, questa variante non mostra evidenza di una maggiore virulenza, cioè una malattia più grave. Tuttavia, la mutazione E484K è associata all’evasione immunitaria; infatti, focolai di R.1 si sono verificati in una casa di cura dopo la vaccinazione di tutti i residenti e gli assistenti, o altri lavoratori, presso la struttura.

Molte prefetture sono già zone di contenimento, poiché ogni giorno vengono aggiunti oltre 700-1.000 nuovi casi in diverse aree. Inoltre, l’introduzione del vaccino è stata particolarmente lenta in questo paese, con meno dell’1% dei giapponesi vaccinati ad oggi. Strano dato proveniente dal paese del sol levante con la sua saggezza.

  • a cura del Dr. Gianfrancesco Cormaci, PhD, specialista in Biochimica Clinica.

Pubblicazioni scientifiche

Nagano K et al. medRxiv 2021 May 11.

Dott. Gianfrancesco Cormaci
- Laurea in Medicina e Chirurgia nel 1998 (MD Degree in 1998) - Specialista in Biochimica Clinica nel 2002 (Clinical Biochemistry residency in 2002) - Dottorato in Neurobiologia nel 2006 (Neurobiology PhD in 2006) - Ha soggiornato negli Stati Uniti, Baltimora (MD) come ricercatore alle dipendenze del National Institute on Drug Abuse (NIDA/NIH) e poi alla Johns Hopkins University, dal 2004 al 2008. - Dal 2009 si occupa di Medicina personalizzata. - Guardia medica presso strutture private dal 2010 - Detentore di due brevetti sulla preparazione di prodotti gluten-free a partire da regolare farina di frumento immunologicamente neutralizzata (owner of patents concerning the production of bakery gluten-free products, starting from regular wheat flour). - Responsabile del reparto Ricerca e Sviluppo per la società CoFood s.r.l. (leader of the R&D for the partnership CoFood s.r.l.) - Autore di un libro riguardante la salute e l'alimentazione, con approfondimenti su come questa condizioni tutti i sistemi corporei. - Autore di articoli su informazione medica e salute sui siti web salutesicilia.com, medicomunicare.it e in lingua inglese sul sito www.medicomunicare.com
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