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Indagini sulla variante COVID mauriziana: per capire se debba far preoccupare o no

Dall’inizio della pandemia di COVID-19, causata dal patogeno SARS-CoV-2, la sorveglianza genomica ha aiutato a monitorare l’emergere e la diffusione di nuove varianti in tutto il mondo. I genomi sequenziati vengono caricati su piattaforme ad accesso aperto come la Global Initiative for Sharing All Influenza Data (GISAID), che contiene già oltre 1,6 milioni di sequenze quasi complete. La sorveglianza genomica attiva ha consentito l’identificazione precoce di tre varianti SARS-CoV-2 preoccupanti (VOC), Alpha (B.1.1.7), Beta (501Y.V2/B.1.351) e Gamma (P.1). Questi portano più mutazioni del gene spike che alterano la proteina, riducendo così la sua suscettibilità al riconoscimento da parte degli anticorpi anti-spike o conferendo trasmissibilità o maggiore patogenicità. I modelli di viaggio globale in aereo hanno contribuito immensamente alla presenza rapida e diffusa della diffusione virale. Mentre la maggior parte dei paesi ha chiuso i propri confini a seguito dell’impatto della prima ondata, il secondo attacco di polemiche sulla necessità di restrizioni e quarantena dei viaggiatori è stato innescato dall’identificazione dei COV.

Sottolineando il ruolo chiave della sorveglianza genomica nel tenere sotto controllo la diffusione di SARS-CoV-2, un nuovo preprint di medRxiv* mostra come una nuova variante chiamata B.1.1.318 sia salita al dominio nel piccolo stato insulare di Mauritius, nell’India Oceano. Segnalato per la prima volta da Public Health England, questo ceppo è stato introdotto nelle Mauritius da un singolo passeggero, oltre ad altri passeggeri che trasportavano VOC Beta (B.1.351) e Alpha (B.1.1.7). Ha causato un secondo focolaio qui, dominando 154 sequenze che comprendevano poco più di un decimo di tutte le infezioni. Mauritius ha solo 1,2 milioni di abitanti e ha sperimentato una piccola prima ondata nel marzo 2020. Ha già richiesto quarantene di 14 giorni per tutti i viaggiatori in arrivo da paesi ad alto rischio. L’identificazione dei primi casi ha portato all’attuazione di un rigoroso blocco e alla chiusura di tutti i punti di ingresso nel Paese. Questo focolaio è stato controllato da circa 340 paesi. I divieti di viaggio sono stati finalmente allentati il ​​1° ottobre 2020, soggetti a quarantene supervisionate di 14 giorni e test RT-PCR di tutti i passeggeri in arrivo prima di poter entrare nella comunità in generale.

Una volta prelevati i COV, i viaggiatori provenienti direttamente dal Regno Unito e dal Sudafrica erano soggetti a restrizioni. Un anno dopo la prima ondata, nel marzo 2021, è stato raccolto un secondo cluster locale di casi, seguito da oltre 650 casi locali. Test rigorosi, tracciamento dei contatti e isolamento del caso hanno portato al controllo di questa ondata. Dopo la revoca del divieto di viaggio, le varianti beta dall’Africa e dall’Europa e della variante alfa dall’Europa sono state sequenziate rispettivamente sei e due volte. Altri genomi sequenziati includevano uno A.23.1, tre del lignaggio B.1.177.4 e due del lignaggio B.1.36. Tuttavia, nessuno di questi si è riversato nella comunità. Il primo vero caso locale che ha segnato l’inizio della seconda ondata è stato segnalato il 5 marzo 2021. Sono state quindi identificate diverse strutture domestiche, di lavoro e strutture sanitarie, seguite dal secondo blocco il 9 marzo 2021. Sequenziamento di 120 casi dalla seconda ondata, sparsi nelle aree colpite, hanno mostrato che tutti appartenevano al ceppo variante B.1.1.318.

Questo è definito da 14 mutazioni spike. Molti di questi, come le mutazioni immunitarie E484K, Y144del e probabilmente T95I, e il promotore di trasmissibilità P681H, sono condivisi dalle varianti alfa e/o beta. Poiché anche tutte queste mutazioni determinanti si stanno evolvendo, gli scienziati hanno concluso che la seconda ondata è stata il risultato di una singola introduzione di B.1.1.318. L’introduzione a Mauritius sembra essere avvenuta a metà febbraio 2021, dall’Europa. Sebbene il paese abbia impedito l’introduzione di varianti alfa e beta a rapida diffusione dopo aver revocato i divieti di viaggio, nonostante la loro identificazione in diversi viaggiatori in quarantena, queste misure hanno permesso a questa variante di entrare – solo una volta – e questo ha portato a un considerevole focolaio locale. Il punto di ingresso attraverso il quale questo ceppo è stato introdotto nella comunità dal sistema di quarantena dei viaggiatori è ancora da identificare e potrebbe rimanere tale se fosse il risultato di transito attraverso hub di viaggio, poiché i paesi che hanno segnalato i parenti più stretti di questa variante sono stati chiusi alle Mauritius a febbraio.

Nessun altro paese ha segnalato questa variante come responsabile della maggior parte dei casi. Tuttavia, ha contribuito a un quinto delle sequenze dal Gabon, in Africa, e al 7% delle sequenze del Togo. Inoltre, è stato segnalato ripetutamente dal Regno Unito, dagli Stati Uniti, dalla Germania e dall’Irlanda, dall’inizio della pandemia. I risultati suggeriscono che questa variante è sorta in Nigeria nel dicembre 2020, diffusa attraverso molteplici introduzioni in Europa il mese successivo, seguita dalla trasmissione comunitaria. Allo stesso modo, è stato introdotto in Nord America lo stesso mese, sempre da viaggiatori dall’Africa, con ripetute introduzioni dall’Europa nei due mesi successivi. È stato introdotto in Asia alla fine di gennaio 2021, ma non sembra essersi diffuso ulteriormente. Questo lignaggio è stato in grado di sostituire con successo altre varianti solo a Mauritius e in Grecia fino ad ora. È quindi importante comprendere la biologia del virus responsabile di questo fenomeno. Le quattro mutazioni di picco che definiscono in questa variante sono tutte adattive, essendo sorte sotto pressioni di selezione positive.

Alcuni di questi possono causare la fuga di anticorpi ma senza ostacolare l’efficacia del vaccino. Altri, come la mutazione P681H, possono influenzare la trasmissibilità virale. Ci sarà bisogno di altre informazioni prima di poter capire se la variante possa espandersi; o se lo ha già fatto solo gli screenings potranno dire quanto

A cura del Dr. Gianfrancesco Cormaci, PhD, specialista in Biochimica Clinica.

Pubblicazioni scientifiche

Tegally H et al. medRxiv 2021 Jun 16: 21259017.

Dott. Gianfrancesco Cormaci
- Laurea in Medicina e Chirurgia nel 1998 (MD Degree in 1998) - Specialista in Biochimica Clinica nel 2002 (Clinical Biochemistry residency in 2002) - Dottorato in Neurobiologia nel 2006 (Neurobiology PhD in 2006) - Ha soggiornato negli Stati Uniti, Baltimora (MD) come ricercatore alle dipendenze del National Institute on Drug Abuse (NIDA/NIH) e poi alla Johns Hopkins University, dal 2004 al 2008. - Dal 2009 si occupa di Medicina personalizzata. - Guardia medica presso strutture private dal 2010 - Detentore di due brevetti sulla preparazione di prodotti gluten-free a partire da regolare farina di frumento immunologicamente neutralizzata (owner of patents concerning the production of bakery gluten-free products, starting from regular wheat flour). - Responsabile del reparto Ricerca e Sviluppo per la società CoFood s.r.l. (leader of the R&D for the partnership CoFood s.r.l.) - Autore di un libro riguardante la salute e l'alimentazione, con approfondimenti su come questa condizioni tutti i sistemi corporei. - Autore di articoli su informazione medica e salute sui siti web salutesicilia.com, medicomunicare.it e in lingua inglese sul sito www.medicomunicare.com
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