La variante SARS-CoV2 Delta (B.1.617.2) è stata rilevata per la prima volta in India nell’ottobre 2020 e da allora è diventata uno dei ceppi più diffusi e dominanti a livello globale. I rapporti hanno indicato che, come altre varianti preoccupanti, la variante delta è più altamente trasmissibile ed elude meglio l’immunità indotta dal vaccino rispetto alla SARS-CoV2 wild-type. Le mutazioni caratteristiche della proteina spike della variante delta SARS-CoV2 che determinano una maggiore virulenza sono state ben descritte, sebbene mutazioni dell’involucro, della membrana, del nucleocapside, di 16 proteine non strutturali (NSP) e di sei proteine accessorie (NS) di SARS-CoV2 è stato documentato meno bene. In un articolo recentemente caricato sul server di prestampa bioRxiv*, sono stati analizzati quasi 2 milioni di genomi SARS-CoV-2 da tutto il mondo, trovando una grande diversità all’interno della variante delta che supera quella osservata nella variante alfa più diffusa.
Il gruppo di ricerca ha ottenuto sequenze genomiche dal database “Global Initiative on Sharing All Influenza Data” (GISAID) proveniente da 176 paesi e si è concentrato su 8.157 mutazioni uniche che abbracciano 24 delle 26 proteine SARS-CoV2 presenti in almeno 100 di le sequenze raccolte Dei quasi 2 milioni di genomi raccolti, circa 200.000 appartenevano alla variante Delta e si è riscontrata una prevalenza estremamente elevata delle mutazioni T19R, L452R, T478K e P681R alla proteina spike, presente nel 99,86% dei genomi Delta e solo lo 0,04% di altri ceppi. Queste mutazioni sono state tipicamente utilizzate per identificare la variante delta e contribuiscono notevolmente alla trasmissibilità migliorata ampiamente osservata. Nonostante queste mutazioni altamente prevalenti della proteina spike, il gruppo ha scoperto che solo il 6,3% circa delle mutazioni spike specifiche della proteina, con il resto distribuito attraverso il proteoma di SARS-CoV2.
Altre sette mutazioni molto prevalenti sono state notate tra la variante Delta, alla membrana: I82T (99,9%); nucleocapside: R203M (99,9%) e D377Y (99,6%); NSP12: P323L (99,9%); NS3: S26L (99,9%); e NS7a: V82A (99,4%) e T120I (99,7%). Come per le caratteristiche mutazioni della proteina spike, quasi tutte queste mutazioni erano altamente esclusive della variante delta, con solo la mutazione da P323L a NSP12 comunemente condivisa da altri ceppi. Sono state notate diverse mutazioni che contribuiscono a differenze specifiche per paese nella variante delta, con i ceppi DeltaUSA e DeltaIndia in particolare scelti per un’analisi più dettagliata. Entrambi i ceppi sono risultati portatori di 16 mutazioni comuni che abbracciano le proteine di SARS-CoV2, mentre DeltaUSA possedeva 13 ulteriori mutazioni specifiche per paese e DeltaIndia ne aveva 3. L’implicazione di queste mutazioni deve ancora essere determinata, sebbene alcune possano essere dedotte dalla normale funzione della proteina spike.
Ad esempio, il ceppo DeltaUSA porta una mutazione in NSP14 che può inibire il macchinario di sintesi delle proteine cellulari dell’ospite. Tuttavia, sebbene Delta sia difficile, un altro studio appena pubblicato un paio di giorni fa, attraverso mezzi computazionali e simulazione, ha implicato che l’emergere di mutanti di fuga è meno probabile per la variante Delta rispetto al ceppo selvatico, e moderatamente più probabile per la variante gamma rispetto al ceppo selvatico. Più specificamente, sono state trovate molte mutazioni in sei siti per il virus originale, probabilmente con la capacità di destabilizzare sostanzialmente il complesso di anticorpi neutralizzanti e il sito RBD rispetto al complesso RBD-ACE2. Questa alterazione pone, a sua volta, un rischio di fuga del vaccino. Gli autori concludono che il piccolo insieme di mutazioni che migliorano la fuga che sono già state stabilite per il SARS-CoV2 originale, include probabilmente la maggior parte di tutte le possibili mutazioni con questo effetto.
Questa è una scoperta piuttosto incoraggiante perché implica un’auto-limitazione delle mutazioni stesse. Quindi, queste conoscenze aprono la porta per una visione economica e rapida nel panorama della fuga di vaccini per qualsiasi variante emergente di preoccupazione; tuttavia, sono necessari ulteriori studi per aumentare il potere predittivo di tali sforzi di ricerca.
- A cura del Dr. Gianfrancesco Cormaci, PhD, specialista in Biochimica Clinica.
Pubblicazioni scientifiche
Suratekar, R. et al. bioRxiv 2021 Sept 1:458647.
Rochman ND et al. bioRxiv 2021 Aug 30:458225.
Yu H et al. medRxiv 2021 Aug 26:21262699.
Dott. Gianfrancesco Cormaci
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